Минэкономразвития считает, что входящие в российские холдинги юридические лица не должны раздельно платить налоги — вносить дань в бюджет от их имени может материнская организация. Минфин против. МЭРТ также убеждён, что сделки между компаниями холдинга не являются предпринимательской деятельностью, а потому не должны облагаться налогом на прибыль. Его отмена закроет и проблему с трансфертными ценами.